无论印顺大乘思想如何丰富，如何引人入胜，如何阐述大乘教理，印顺大乘思想的真实底蕴，不外下面四点： １、大乘经非佛说。（印顺之《以佛法研究佛法》中说：“大乘经非释迦佛亲说。”印顺只认定《阿含经》是真经。） ２、大乘经中人物乃至菩萨，非真实存在。（《以佛法研究佛法》中说：“大乘经中的人物叙述时地因缘是不必把它看为史实的。”） ３、大乘的存在只不过是佛弟子怀念的情感产物。（《初期大乘佛教之起源与开展》：“从佛法而发展到大乘佛法，主要的动力，是佛涅槃以后，佛弟子对佛的永恒怀念。”又说：“从怀念佛而来的十方佛（菩萨），净土，菩萨大行，充满了信仰与理想的特性，成为大乘法门所不可缺的内容。”） 4、以历史演进定位大乘，大乘法只是世间人思想交杂的结果，而非圣智修证的境界。（不论中观、唯识、如来藏思想，印顺皆是从历史交流、更替的角度来定位。大乘思想是交流形成的，而非是圣智修证的展现。其如印顺在《唯识学探源》说：“以我的理解，真心论的卢舍那佛说，迦旃延佛说；妄心论的弥勒佛说，都不过继承根本佛教的思想，在不同的时代区域中，经古人长期的体验思辨而编集的成果。承认此两大思想的分流（自然是互相影响的），同等的地位中所表现便是。”）