初步审查中，对于申请文件存在不可能通过补正方式克服的明显实质性缺陷的专利申请，审查员应当发出审查意见通知书。审查意见通知书中应当指明专利申请存在的实质性缺陷，说明理由，同时指定答复期限。 对于申请文件中存在的实质性缺陷，只有其明显存在并影响公布时，才需指出和处理。